过了一会，众人来到南京城皇宫，这里依旧是金碧辉煌。
崇祯皇帝一步一步走向大殿，他要这里向天下人宣布，他又回来了。
他在南京城呆了半个月，各地前来效忠者络绎不绝，更有诸多势力带着兵马前来投靠。
前来效忠他的人都获得封赏，崇祯帝在南京实力大增，又恢复六部，令各地幸存宗室来南京城集结。
他不再是当年那个刚愎自用的帝王，他尝试改变自己，在南京城整顿军队，得到一只数十万人军队，有将领向他请战，进攻聆敬阳大本营徽州府，遭到他的怒斥，他要兵不血刃，让聆敬阳，郑成功等人前来归降。
至于聆敬阳在应天府残余势力，却遭到无情追杀，其中就有数百骑兵追杀特种局。
方小眼像是一条落水狗，被杀得晕头转向，一路上不断有部下被杀死，最后他几乎失去所有部下，只有他和徐芸数人回到徽州府。
本以为徽州府兵力空虚，幸好石铁听闻朝廷大军南下，当机立断放弃江西，率领江西各地兵马撤退到徽州府，此时在徽州府仍有数万效忠聆敬阳军队。
石铁让方小眼速速赶往福建，他率领部队死守徽州府。
南京城明军听闻五军都督兵马在徽州府云集，再一次请战，崇祯帝强行命令诸军不得南下徽州府，他在南京城继续整顿军队，安顿宗室，却在离开南京城前一天夜里，令锦衣卫护送鲁王前往舟山群岛，没有他的命令，鲁王不得回来。
此举让一群文武百官再一次认识到帝王无情，鲁王也是扛旗抗清藩王，最后还是被猜忌，驱逐到海外不得归家。
驱逐鲁王后，崇祯帝在应天府驻军五万，率领大部队往江西，湖广开拔，毫不费力攻占江西中北部地区，兵力直指弘光帝所在湖广地区。